Kochający komediowe zamieszanie, uwielbiany na całym świecie i zawsze pragnący marmolady miś Paddington powraca z trzecią i zarazem największą przygodą w całym swoim misiowym życiu! Tym razem ten odziany w niebieski płaszczyk i czerwony kapelusz bohater wraz ze swoją ludzką rodziną uda się na zbadanie tajemnic samego serca dżungli w Peru. Na tę przygodę jedna kanapka z marmoladą na pewno nie wystarczy! ​
Miś Paddington wraz z rodziną Brownów postanawia wyruszyć w daleką podróż do Ameryki Południowej, a dokładniej do Peru, aby odwiedzić swoją ukochaną ciocię Lucy. W tym celu wszyscy udają się do umieszczonego nieopodal lasu deszczowego Domu dla Emerytowanych Niedźwiedzi. To jednak dopiero początek niezwykle ekscytującej przygody, w trakcie której odkryją wiele tajemnic. Przed nimi podróż życia, która poprowadzi ich od amazońskiej dżungli aż po górskie szczyty Peru! ​